Francesco Maria Balbi intraprese la costruzione di questo palazzo tra il 1656 e il 1674, affidandone la progettazione all’architetto Pietro Antonio Corradi. Nel 1705 la proprietà passò al nipote Costantino, che diede inizio a un’operazione di rinnovamento e decoro interno della residenza, rimasta in origine spoglia per via della sua destinazione ad appartamenti in locazione. In questa occasione la dimora fu dotata di una ricchissima collezione, in parte derivata da quella di Francesco Maria, accresciuta dai suoi eredi e disposta nelle quadrerie delle due sedi di questo ramo della famiglia (gli attuali Palazzi Balbi Senarega e, appunto, Balbi Raggio).
Nel 1824 divenne proprietario dell’edificio Marcello Luigi Durazzo, che ne commissionò il rinnovamento all’architetto Nicolò Laverneda, al pittore-scenografo Michele Canzio, ai plasticatori David Parodi e Giuseppe Gaggini e al pittore Francesco Baratta. Prima della vendita la collezione, già ospitata nelle sale dell’edificio, fu in gran parte alienata: alcune opere prestigiose, tra quelle non vendute, furono trasferite, per passaggio ereditario, nel palazzo degli Spinola in Piazza Pellicceria dove il pubblico può ancora ammirarle nelle sale di quella dimora, divenuta oggi la Galleria Nazionale di Palazzo Spinola.
Dopo una breve parentesi in cui i proprietari furono i Gropallo, nel 1890 il palazzo fu acquisito dall’imprenditore genovese Edilio Raggio che incaricò l’architetto Luigi Rovelli di una radicale trasformazione dell’edificio, conclusasi sul finire del secolo XIX: in questa occasione venne ridisegnata la facciata (restaurata nel 2004) e furono completamente demoliti e riorganizzati gli interni seicenteschi per ricavarne degli appartamenti. L’operazione portò alla creazione del vasto atrio e dell’imponente scalone sostenuto da archi rampanti e volte a crociera. Il grande complesso costruito venne ad inglobare, a sud, anche gli edifici dell’antico Ospedale e dell’Abbazia di Sant’Antonio che prospettava sulla via di Prè.
I nuovi ambienti del palazzo vennero decorati al termine degli interventi architettonici e strutturali di Rovelli. Sulla volta dello scalone d’accesso Cesare Viazzi, intorno al 1893, dipinse un ciclo di tempere murali che hanno per soggetto allegorie risorgimentali a celebrazione della monarchia sabauda e dello stato unitario, recentemente restaurate; mentre in una delle sale di rappresentanza l’allievo di Nicolò Barabino, Luigi Gainotti, affrescò l’Allegoria della Liguria. A partire dagli anni Cinquanta del Novecento il palazzo è stato dato in locazione dai discendenti della famiglia Raggio all’ateneo genovese ed ospita oggi dipartimenti della Scuola di Scienze Umanistiche e la Biblioteca “Romeo Crippa”.